Untuk mencapai Visi dan Misi, maka Tujuan Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Yapis Papua, kemudian disusun sebagai berikut:
Menghasilkan SDM yang unggul dan memiliki kompetensi yang bisa diandalkan, berahlak mulia, mandiri, dan memiliki kemampuan adaptasi sesuai dengan kondisi aktual masyarakat
Meningkatkan budaya penelitian bagi dosen dan mahasiswa dan menghasilkan penelitian yang relevan dengan peningkatan keilmuan dan penelitian yang mampu memecahkan permasalahan-permasalahan sosial-kemasyarakatan.
Mewujudkan dan terlaksananya kegiatan pengabdian kepada masyarakat dalam bentuk keterlibatan dalam program pemberdayaan masyarakat.
Mewujudkan tersedianya fasilitas kelembangan yang menunjang terlaksananya proses kegiatan akademik yang nyaman.
Terbinanya net-working dengan stakeholders dalam upaya pengembangan lembaga sosial dan pembinaan sosial melalui pengabdian kepada masyarakat.